Mikko Franck aloitti viulunsoiton opinnot 5-vuotiaana. Kapellimestariopinnot hän aloitti vuonna 1995 ensin yksityisesti Jorma Panulan johdolla ja opiskeli lukuvuoden 1996-97 Sibelius-Akatemian kapellimestariluokalla. Mikko Franck aloitti uransa kapellimestarina vain 17-vuotiaana ja on sen jälkeen johtanut mm. Berliinin, Los Angelesin, Lontoon, New Yorkin ja Wienin filharmonikkoja sekä Chicagon ja Tokion sinfoniaorkestereita. Oopperaa hän on johtanut mm. New Yorkin Metropolitanissa, Lontoon Covent Gardenissa ja Wienin valtionoopperassa. 

Vuosina 2002-2007 Franck toimi Belgian Kansallisorkesterin musiikillisena johtajana ja ylikapellimestarina.
Vuosina 2006-2013 hän työskenteli Suomen Kansallisoopperan ylikapellimestarina ja vuodet 2008-2013 myös Oopperan taiteellisena johtajana. 

Ranskan radion filharmonisen orkesterin musiikillisena johtajana ja ylikapellimestarina Franck aloitti syksyllä 2015.

Kaudella 2015-16 Franck johtaa Pariisin konserttiensa lisäksi mm. Richard Straussin Salomen ja Josephs Legenden Wienin Valtionoopperassa sekä Verdin Rigoletton Milanon La Scala-oopperatalossa.